在二周目中，玩家初始携带的物品将发生变更。包括：剩饭、觉醒力量、毒药、解毒剂、甜蜜蜜、护身符和秘传机器01（飞空）。

二周目中会出现新的训练家和宝可梦。包括：金黄市的梅丽莎、红莲镇的龙使者史蒂夫、以及新出现的宝可梦，如巨钳螳螂、大嘴雀、急冻鸟和闪电鸟。

二周目中，关都地区将新增几个区域。包括：对战金字塔、虹色之翼和战利品之家。这些区域提供了新的挑战和宝可梦捕捉机会。

在二周目中，所有传奇宝可梦都会回归。包括：急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟、三神鸟、梦幻和超梦。它们隐藏在二周目的不同地点，等待玩家的挑战。

在二周目中，石之洞窟的内部结构发生了改变。它现在是一个更具挑战性的迷宫，里面有新的宝可梦和物品。玩家需要仔细探索以找到隐藏的宝藏和解决谜题。

在二周目中，一些神奇宝贝的进化方式发生了改变。例如，鬼斯需要通过学会暗影球才能进化为耿鬼，而刺尾虫需要通过进化石钢甲进化成大钢蛇。

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